Mano tambem tive esta dificuldade' no começo..
Eu instalo da seguinte maneira:
--tendo o "cydia" no iphone
e o "Installous" tb.
--baixo o aplicativo ".ipa" para o pc
-- utilizo o programa "iPhone Folders"
e jogo o .ipa no seguinte caminho:
--iPhone folders\"NomedoiPhone"\var\mobile\Documents\Installous\Downloads--
ai entao abro o "installous" no iphone e pronto instalo o aplicativo jogo o que for..
acho melhor que sincronizar pelo itunes o que eh muito passivo de erro...
voce pode procurar tutoriais sobre os aplicativos aki no forum ou videoaulas no youtube com o nome
dos programas XD...
Boa sorte Manim...

-- 23 Jun 2011 13:53 --
Segue um tutorial. para o que voce quer diferente,,...
http://www.iphonemod.com.br/forum/instalando-apps-sem-itunes-ou-wireless-3g-edge-t10775.html